Năm Quang Tự thứ 24 (1898), xảy ra sự kiện Bách nhật duy tân, đây là dấu mốc quan trọng trong cuộc đời của Trân phi. Theo rất nhiều cách nói khác nhau về sự kiện này, Trân phi đã tham dự ủng hộ phái Duy Tân và ủng hộ Quang Tự Đế cải cách chính trị. Tuy vậy, vai trò thật sự của bà trong sự kiện này đến nay vẫn còn mơ hồ, đa phần chỉ là phán đoán, thậm chí có nhận định Trân phi là người chủ trương nhất đằng sau nhóm Duy Tân.

Tổng hợp tư liệu hiện tại về Trân phi, bà đích xác đã tham gia, dù trực tiếp hay gián tiếp, trong sự kiện lớn này, chủ yếu rất có thể là làm trung gian giữa người em Chí Kĩ và Quang Tự Đế. Dù có thế nào, Trân phi sau sự kiện hàng vị, lại một lần nữa "Can thiệp quốc chính", phạm vào đại kị của Từ Hi Thái hậu. Kết cục, bà bị giải ra khỏi Cảnh Nhân cung và giam vào Bắc Tam sở (北三所; lại nói Bắc Nhị sở 北二所), tức lãnh cung phía Bắc của Cảnh Kỳ các (景祺閣).

Trong cuộc Khởi nghĩa Nghĩa Hòa Đoàn năm Quang Tự thứ 26 (1900), ngày 14 tháng 8 (dương lịch), Bắc Kinh thất thủ, triều đình phải lui về Tây An lánh nạn. Ngày 21 tháng 7 (tức ngày 15 tháng 8 dương lịch) năm ấy, Trân phi vẫn còn bị giam trong cung, gặp quân nước ngoài quyết không chịu nhục, bèn tuẫn tiết mà chết, hưởng dương 25 tuổi.

Đối với cái chết của Trân phi, đến nay vẫn còn lưu truyền rất nhiều dị thuyết, đa phần rất sinh động lôi cuốn, phổ biến nhất là việc Từ Hi Thái hậu trước khi đi đã sai Thái giám Thôi Ngọc Quý (崔玉貴) dìm Trân phi xuống giếng chết. Nhưng tất cả cũng chỉ đều là tiểu thuyết của người sau kể lại, độ chính xác vẫn phải xem xét. Đến nỗi ngay cả hậu duệ Tha Tha Lạp nhà Trân phi, đối với cái chết của vị tổ cô này cũng bị ảnh hưởng ít nhiều bởi các giải thuyết đời sau. Có sách kể, do Trân phi nhất định không chịu lánh nạn mà khuyên Quang Tự Đế ở cùng kinh thành, Từ Hi Thái hậu biết được nên tức giận ép chết Trân phi.

Nguồn tư liệu tin tưởng được, có thể kể đến "Cố Cung tuần san" (故宮周刊) năm 1930, có 「Trân phi chuyên hào; 珍妃專號」 trích lại lời Thái giám Đường Quan Khanh (唐冠卿), Bạch cung nữ thị phụng Trân phi, cùng với Lưu cung nữ xuất cung từ năm Quang Tự thứ 25, có thể xem là một nguồn tương đối đáng tham khảo. Dựa theo những gì họ cung cấp, thì tình hình khi đó có vài cách nói:

1. Trước khi đi, Từ Hi Thái hậu mệnh Trân phi tuẫn chết, Trân phi không chịu, thế là Thôi Ngọc Quý cùng đám người khác đem Trân phi qua Trinh Thuận môn, dìm chết dưới giếng.
2. Trước khi đi, Từ Hi Thái hậu mệnh Trân phi tuẫn chết, Trân phi nghe xong tự nhảy xuống giếng chết.
3. Trước khi đi, Từ Hi Thái hậu lừa Trân phi rằng cả hậu cung đã nhảy giếng tuẫn tử rồi, thế là Trân phi liền nhảy xuống giếng.
4. Trước khi đi, Từ Hi Thái hậu mệnh Trân phi cùng đi, nhưng Trân phi bệnh đã nghiêm trọng, không thể đi theo, khẩn cầu Hoàng thái hậu cho bà trở về nhà mẹ đẻ tị nạn. Thái hậu không đồng ý, bèn sai người dìm đầu cho chết.

Các loại cách nói này, cho đến nay vẫn còn xảy ra nhiều tranh luận, nhưng phải nhìn nhận chung là tất cả đều dẫn đến việc Trân phi tử nạn xuống chiếc giếng. Theo cuốn "Quang Tự Hoàng đế Trân phi" (光緒皇帝的珍妃) của Thiện Phổ (善浦), sách lý giải cái chết của Trân phi có tương đồng với thuyết cuối cùng. Thuyết này không phải của 3 người kể trên, mà từ Trương Trọng Thần (張仲臣), đứa cháu thừa kế của Tiểu Đức Trương (小德張), Thái giám thị phụng Từ Hi Hoàng thái hậu và sau đó là Long Dụ Hoàng thái hậu.

Năm Quang Tự thứ 27 (1901), ngày 4 tháng 7 (âm lịch), di thể của bà tạm quàn ở Điền thôn. Ngày 28 tháng 11 (âm lịch), Từ Hi Thái hậu ra một đạo sắc chỉ dụ, truy tặng Trân phi làm Quý phi, có nói: 「Năm ngoái kinh sư có biến, trong ngoài rối loạn, Trân phi hỗ trợ không kịp, trong cung tự tuẫn hi sinh vì nước, tuân chúc tiết liệt khả gia. Nay thêm truy tặng vị hiệu Quý phi, lấy để thương tiếc; 上年京師之變，倉猝之中，珍妃扈從不及，即於宮內殉難，洵屬節烈可嘉。加恩著追贈貴妃位號。以示哀恤。」. Ngày hôm sau, 29 tháng 11 (âm lịch), làm lễ truy tặng Trân Quý phi (珍貴妃). Sau khi khâm liệm, quan tài của bà được chôn ở Cung nữ mộ địa bên ngoài Tử Cấm thành.

Sau khi Tuyên Thống Đế Phổ Nghi kế vị, Nhiếp chính vương Tái Phong tuyên bố nguyên nhân cái chết của Trân phi là tự sát, thỉnh Long Dụ Thái hậu truy phong thành Hoàng quý phi, chưa định thụy hiệu. Năm Dân Quốc thứ 2 (1913), ngày 3 tháng 3 (âm lịch), giờ Thìn, Cẩn phi cùng người nhà làm lễ phụng di quan tài Trân phi đến Lương Các trang (梁各莊) tạm an. Ngày 16 tháng 11 (âm lịch) cùng năm, giờ Thân, di hài dời táng vào địa cung Phi viên tẩm của Sùng Lăng (崇陵), thuộc Thanh Tây lăng. Năm Dân Quốc thứ 10 (1921), ngày 17 tháng 3 (âm lịch), chính thức truy tặng thụy hiệu cho Trân phi là Khác Thuận Hoàng quý phi (恪順皇貴妃).

Tương truyền, sau khi di táng Trân phi, chị bà là Cẩn phi lại ở bên Trinh Thuận môn thiết lập linh đường, cũng chế kham cung phụng "Trân Quý phi thần vị", đồng thời đem miệng giếng chế tác thêm hai lỗ nhỏ rồi đem côn sắt khoá ngang, từ đó không hề sử dụng. Giếng này sau đó được gọi là Giếng Trân phi (珍妃井), là một địa điểm tham quan thu hút ở Cố Cung.